Gedung Yayasan Madrasah Ibnu Umar berdiri di atas lahan seluas 230 meter persegi dengan total luas bangunan 3 lantai 393 meter persegi dan menjadi pusat seluruh kegiatan belajar mengajar. Madrasah Ibnu Umar juga dilengkapi dengan berbagai fasilitas untuk menciptakan suasana belajar yang kondusif termasuk asrama khusus santri putri serta kamera CCTV yang beroperasi sepanjang waktu untuk mendukung keamanan.